Ett centralt tema i Shirin Neshats konst är Islam och kvinnans ställning i det islamiska samhället. I sin konst behandlar hon angelägna frågor som en kvinna i diasporan, mellan två världar möter – flyktingskap, repression, kvinnans roll, identitet. I början tog Neshat svartvita politiska fotografier. I sin berömda fotoserie Women of Allah (1993–1997) utforskar Shirin Neshat olika filosofiska och ideologiska teman som den islamska revolutionen har aktualiserat. Neshat klädde sig i svart kåpa, chador, och fotograferade sig själv i kvinnans olika roller som martyr, krigare, hustru, mor. På den hud som chador lämnade bar skrev hon på fotografierna farsisk kalligrafi.

Sedan slutet av 1990-talet har den rörliga bilden blivit en allt viktigare del av hennes konst. I sina videoverk knyter Shirin Neshat ihop tematiken från de tidigaste fotografierna. Verken Turbulent och Rapture behandlar dynamiken mellan iranska män och kvinnor. Verken är tvåkanaliga videoprojektioner som bygger på en för Neshats verk karakteristisk dualism: man/kvinna, svart/vit, och de visas på två bildskärmar som är ställda mittemot varandra. Passage är ett videoverk med en kanal som bygger på starka färgparalleller och som Neshat förverkligade tillsammans med den amerikanske kompositören Philip Glass. I verket reflekterade Neshat över dödens tema och ritualer som begravning och likprocession. Upplevelsen och erfarenheten spelar en central roll i Shirin Neshats konst.

Shrin Neshats estetiska språk karakteriseras av en kombination av det gamla och det nutida. Sedan 2003 har Shirin Neshat arbetat på en filmmässig videoserie i fem delar som baserar sig på den kända iranska kvinnliga författaren Sharnush Parispurs surrealistiska novellsamling Women without Men (1989). Boken berättar om fem kvinnor som lämnar sina tidiga problematiska liv och hamnar i samma trädgård. I serien har Neshat tillsvidare fullbordat delarna Mahdokht och Zarin. Verken avviker från Neshats tidigare verk i det att de är narrativa berättelser som innehåller talad dialog och hänför sig till den magiska realismen.

Shirin Neshat är en av vår tids betydande kvinnokonstnärer och hon har tilldelats ett flertal internationella utmärkelser. Vid den tid då EMMA öppnas tilldelas hon Lillian Gish-priset i New York den 12 oktober 2006.